O projeto Kalypso é, tecnicamente falando, um software totalmente construído em forma modular. Deste modo, não apenas as funções específicas de simulação compõem o pacote nos assim chamados módulos (p.ex. Hydrlogy, 1D/2D, etc.), mas também as funções de base como Desktop-SIG e Ferramentas de Série Histórica compõe a estrutura da Base-Kalypso.
Com base nesta estrutura, podem ser desenvolvidas novas aplicações com maiores funções de extensão (assim chamados clientes especiais).
Exemplos para tais aplicações desenvolvidas encontram-se no campo de gerenciamento de recursos hídricos, bem como no gerenciamento de recursos naturais e do solo, os quais são ilustrados por meio dos seguintes projetos de desenvolvimento e pesquisa.